Para a consecução dos seus fins a ABREJUND possui um Conselho Geral, que é dirigido pela diretoria e composto por:

Os membros da Diretoria da ABREJUND;

O Presidente da Ordem dos Pastores Batistas do Brasil, secção São Paulo sub-secção Região de Jundiaí;

Um representante de cada uma das igrejas Batistas arroladas na ABREJUND, devidamente indicados através de ficha própria criada para este fim com mandato igual a da Diretoria da ABREJUND.

O Pastor titular de cada uma das Igrejas Batistas arroladas na ASSOCIAÇÃO;

O Presidente de cada conselho que vier a ser criado;

O Presidente ou Diretor de cada uma das Entidades: MCA, União Masculina Missionária, Juventude, Adolescentes;

Assembléias

Além disso, o Conselho Geral terá as seguintes Assembléias:

Três Assembléias ordinárias por ano; 

Assembléias extraordinárias e solenes, tantas quantas forem necessárias.

São Atribuições do Conselho Geral

Prestar relatórios de suas atividades à Assembléia Geral da ABREJUND;

Representar a ABREJUND junto às igrejas, instituições e Entidades no interregno das Assembléias;

Propor objetivos e diretrizes para a elaboração do planejamento global contínuo da ABREJUND bem como estudar formas de aquisição de recursos para alcançar os objetivos da mesma.

Supervisionar e avaliar o desempenho da Diretoria da ABREJUND, dos Conselhos, instituições e Entidades, definidos no planejamento global ou nas Assembléias;

Harmonizar os planos, programas e calendário de atividades dos Conselhos, instituições e Entidades;

Aprovar o orçamento da ABREJUND;

Zelar pelos interesses e patrimônio da ABREJUND;

Responder pelo planejamento e a realização das Assembléias, fixando a taxa de inscrição dos mensageiros e elaborando o programa das mesmas;

Intervir nas áreas, instituições ou Entidades quando julgar necessário;

Receber pedidos de arrolamento ou desligamento de igrejas e encaminha-los à Assembléia seguinte para homologação;

Pronunciar-se a respeito da fidelidade doutrinária de qualquer igreja arrolada, no interregno das Assembléias, tomando todas as providências legítimas para salvaguardar, manter e preservar a integridade doutrinária e patrimonial das igrejas e a unidade denominacional;

Convocar a Assembléia Ordinária na hipótese de recusa ou impossibilidade do Presidente ou de seu substituto legal;

Homologar o nome do Diretor Executivo da ABREJUND e das lideranças dos Conselhos, Instituições e entidades;

Apreciar os relatórios periódicos dos Conselhos, instituições e das Entidades;

Receber perante a Assembléia da ABREJUND os relatórios anuais dos Conselhos, das instituições e das Entidades;

Apresentar à Assembléia Ordinária o seu relatório anual relativo às suas atividades do ano convencional, acompanhado do Balanço e Demonstrativos de resultados;

Supervisionar a consecução dos objetivos integrados para a ação de cada área à luz de diretrizes estabelecidas pela ABREJUND;

Apreciar, aprovar ou reformar estatutos dos Conselhos, das instituições e Entidades da Associação;